Dopo la distruzione della città di Cisterna, l'Autorità Ecclesiastica pensò alla ricostruzione delle chiese, anche delle più piccole, andate completamente distrutte: quella di "S. Pietro. di S. Francesco di Assisi e l'ultima dedicata a s. Pasquale". 
Già prima della guerra, con una popolazione di oltre 12.000 abitanti, si era fatto sentire il bisogno di un'altra parrocchia. e nessuna delle tre piccole chiese, anche se ricostruite, avrebbe potuto assolvere a questo compito. Perciò si pensò, valendos i della legge che lo permetteva, di farne una, in un posto più adatto, che sommasse le dimensioni delle tre piccole chiese. Il luogo fu scelto dall'altra parte della via Appia, nei pressi della stazione ferroviaria, dove la cittadina già prima si stava estendendo.
Per la costruzione di questa nuova chiesa si chiese, dal cardinale Micara al comune di Cisterna, l'area del vecchio lavatoio. "Il sindaco Leonardi Felice, il 24 aprile 1948, comunicò al Vicario Generale Mons. Moresi che il Consiglio Comunale, nella riunione del 31 marzo 1948, aveva all'unanimità deliberato di concedere alla Curia Vescovile di Velletri la detta area. Le trattative, le carte, i cambiamenti furono molti, solo dopo quarant'anni!"
Il 15 luglio 1952. fu firmato dal sindaco Armando De Santis e, per la Curia Vescovile, da Mons. Moresi il contratto di permuta, con il quale veniva ceduta, per la costruzione della nuova chiesa da dedicarsi a S. Francesco di Assisi. l'area di mq. 462, sulla quale era ubicato il vecchio lavatoio, e il Comune di Cisterna riceveva a compenso le aree delle tre chiese, in tutto circa mq. 267".
Per la buona riuscita delle nuove costruzioni che si dovevano intraprendere per 1a erezione della nuova parrocchia, "si chiese anche alla Signora Bignani Beatrice un'area di mq. 91 del terreno sito li vicino, che la Signora donò con atto delnotaio Floridi in Velletri. in data 22 ottobre 1952, e che la Curia Vescovile accettò con atto dello stesso notaio, firmato il 13 luglio 1953.
"Avuta l'area necessaria, il Cardinalo Vescovo di Velletri. il 22 ottobre 1953, chiese la ricostruzione della chiesa e del suo arredamento, a carico dello Stato. in virtù della legge 10 agosto 1950 n° 784. La spesa prevista per tale chiesa, che doveva assommare il volume delle tre distrutte dagli eventi bellici, era di f. 38.500.000, e doveva sorgere, nella parte sud-occidentale della città.
11 13 agosto 1954, l'architetto Gaetano Rapisardi, nel rimettere il progetto della chiesa al Card. Clemente Micara, si lamentava per la lentezza delle formalità burocratiche.
11 16 maggio 1962, l'Ing. Schiavo Amelio, costruttore della Chiesa, scrisse a Sua Ecc. Mons. Primo Gasbarri: Sono lieto di comunicarle che la pratica per la costruzione della Chiesa di Cisterna è stata finanziata ed appena saranno presentati alcuni documenti amministrativi si darà corso alla registrazione del Decreto Provveditoriale. Dato che il finanziamento del nuovo progetto è stato aumentato rispetto al progetto precedente posso confermare alla E. v., che sono state approvate dal Provveditore delle opere di finimento che abbelliranno il nuovo edificio. Oramai si poteva fissare il giorno degl'inizi dei lavori, le tante difficoltà
erano state tutte superate, perciò il 14 agosto 1962 il vescovo ausiliare Mons. Gasbarri scrisse al prefetto di Latina Dott. Nilo Pignataro: {il giorno 26 agosto corr., alle ore 17.30, avrà luogo in Cisterna (Largo Armando Diaz) la posa della prima pietra dell'erigenda Chiesa Parrocchiale S. Francesco.
Alla cerimonia sarà presente L'Em. mo Signor Cardinale clemente Micara. Nel darne doverosa notizia all'E. V., La prego di interveni. Cosi, nel giorno indicato, con la prima pietra scese giu nelle fondamenta del sacro edificio la seguente scritta: CLEMENTE MICARA CARDINALI DIOECESEOS SUBURBICARIAE• VELITER-NAE EPISCOPO. IDANNIS XXIII PONTIFICIS F. R. VICARIO GENERALI IN URBE ET EIUS DISTRICTO, A. D. VII CAL. SEPT. A. MCMLXII P. CHR. N., LAPIS AUSPICALIS HUIUS STRUENDAE PAROECIALIS ECCLESIAE DIVO FRANCISCO ASSISIATI SACRAE POSITUS EST. INSPECTANTIBUS, CUM EODEM EM.MO PRINCIPE. NILO PIGNATARO LATINAE PROVINCIAE PRAEFECTO. FELICE PALIANI CIVITATIS SYNDICO, ALOYSIO FABRIS AEDIUM IN LATINA PROVINCIA PRAEPOSITO ET MAXIMA CIVIUM FREQUENTIA. FABER OPERI AMELIUS SCHIAVO PRAEFUIT. QUI SACRAE AEDI FORMAM ETIAM DEDIT".
"Il 14 Marzo 1963, dal notaio Vittorio Nardacci era stato compilato l'atto di donazione del terreno, già costituente piazza A. Diaz e confinante con vicolo Mozzo, che sindaco Paliani Felice e il Consiglio Comunale avevano ceduto per la nuova chiesa, con delibera del 9 giugno 1962"2, ed "accettato dalla curia Vescovile con atto dello stesso notaio il 10 dicembre 1965". Dal 26 agosto 1962 fino al 1° novembre 1975 la Chiesa di S.
Francesco di Assisi farà parte della Parrocchia di S. M. Assunta. Da quest'ultima data, "per Decreto del Vescovo della Diocesi di Latina Mons. Enrico Romolo Compagnone, la Chiesa di S. Francesco d'Assisi viene eretta Parrocchia con la nomina del Parroco Don Luigi Zangrilli e del Vice-Parroco Don Antero Speggiorin e riconosciuta civilmente con Decreto del Ministero dell'Interno in data 23 Dicembre 1986 dal Vescovo Mons. Domenico Pecile".